Im Juni 1990 beschließen die Vertreterversammlungen der Volksbank Würzburg eG und der Raiffeisenbank Würzburg und Umgebung eG einstimmig die Verschmelzung der beiden Banken rückwirkend zum 1. Januar 1990. Mit der Fusion wird der Grundstein der heutigen Volksbank Raiffeisenbank Würzburg eG gelegt. Ende Oktober 1990 verlegt die Deutsche Genossenschaftsbank Bayern ihren Standort nach Nürnberg und überträgt ihr Würzburger Kundengeschäft auf die fusionierte VR-Bank Würzburg, die damit auch das Bankgebäude am Residenzplatz, Theaterstraße 28 erwirbt.
Nachdem das Haus am Oberen Markt nicht mehr den Anforderungen einer zukunftsfähigen Bank entspricht, beschließt der Vorstand, das Objekt zu veräußern und einen Neubau am Unteren Markt zu errichten. Im April 2008 wird nach zweijähriger Bauzeit das FORUM eröffnet, hier bündelt die VR-Bank Würzburg das Privatkundengeschäft. Seit 2010 finden Firmen- und Gewerbekunden in der Hauptstelle, Theaterstraße 28, ihre Ansprechpartner für alle Finanzierungsfragen. Als „erste Firmenkundenbank“ hat die VR-Bank Würzburg damit Maßstäbe gesetzt.
Im November 2006 legt die VR-Bank Würzburg mit einem Stiftungskapital von 500 T€ den Grundstein für die heutige Bürgerstiftung Würzburg und Umgebung, um damit in besonderem Maße gesellschaftliche Verantwortung wahrzunehmen. Viele Menschen tragen durch Spenden und Zustiftungen dazu bei, dass das Stiftungsvermögen auf rund 2,5 Mio Euro anwächst. Über 170 Projekte können mit den Erträgen des Stiftungskapitals sowie mit Spenden unterstützt werden.
Mit der Fusion der Raiffeisenbank Ochsenfurt eG im Jahr 2011 wird die VR-Bank Würzburg zur erfolgreichsten und größten Volks- und Raiffeisenbank in Unterfranken.
2018 findet die Landesgartenschau in Würzburg statt. Dafür wird der Bereich der Leighton Barracks, der ehemaligen amerikanischen Kaserne, umgestaltet. In diesem Zug eröffnet die VR-Bank Würzburg eine Filiale im neu entstehenden Stadtteil Hubland. In dieser Filiale im Hubland Center hält auch die erste meinService-Stele Einzug. Bei dieser innovativen Art des Kundenservices schaltet sich ein Bankmitarbeiter aus Reichenberg über einen Bildschirm zu den Kunden in der Filiale. So sind verlängerte Öffnungszeiten von 8 bis 18 Uhr täglich möglich.
Im Oktober 2021 ziehen die internen Abteilungen der VR-Bank Würzburg wie Zahlungsverkehr, Rechnungswesen und IT in das Gebäude des ehemaligen Mozartgymnasiums. In nur zwei Jahren wurde der sogenannte Windmühlenflügel renoviert. Die ehemaligen Klassenzimmer wurden in ihrer Struktur erhalten und dienen den verschiedenen Teams nun als Büros.